農村地區(qū)普遍采用的是水質消毒方式為氯消毒工藝，這種傳統(tǒng)的消毒工藝消除病毒的效率極低，并且不穩(wěn)定，有時還會出現負去除，再加上管道的二次污染，水中的病原菌、病毒和病原原生動物數量不減反加。所以，在偏遠地區(qū)對于河水處理設備的推廣也要加大。
嚴重時會造成病菌或病毒性傳染病的大面積流行，例如：國內外一些地區(qū)爆發(fā)甲肝、紅眼病、陰孢子蟲病等就是由于當地自來水有關病毒病菌污染造成的。另外的安全問題來自于氯消毒工藝本身，我國水廠基本上采用氯殺菌消毒，不能有效地去除水中的有機污染，而在氯化過程中可能生成多種多樣的有機氯化物包括鹵甲烷(THMs)，并占到飲用水中合成有機物的絕大部分，三鹵甲烷這些物質基本上屬于致癌、致突變、和致畸的三致物質，長期飲用會嚴重危害人體健康。河水處理設備尤其是農村相關從業(yè)人員幾乎沒有得到相應的必要培訓，如果操作不當，更會放大其中的安全隱患。
另外，農村河水處理設備宣傳相對薄弱，用水人群對飲用水衛(wèi)生認識水平偏低。這一方面與當地經濟、文化發(fā)展水平有關，另一方面也與飲用水衛(wèi)生宣傳和健康教育的開展力度有關。應加大飲水衛(wèi)生知識的普及和宣傳力度，加快貧困地區(qū)的經濟發(fā)展，只有當生活條件好了，并從認識上注重飲用水安全，才能從根本上的帶動水質處理相關產業(yè)的發(fā)展。
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